Ziel der Intonationsarbeiten ist es, das in der Disposition und in der Zusammensetzung des Pfeifenwerkes angelegte, musikalisch- künstlerische Gesamtkonzept erlebbar zu machen. Dazu bedarf es natürlich einer detaillierten Kenntnis von Wilhelm-Sauer-Orgeln aller Epochen, bis hinein in das Wirken seiner Nachfahren bis zum zweiten Weltkrieg.
Jedes einzelne Register, jede eigene Klangfarbe und jede einzelne Pfeife steht auf dem Prüfstand hinsichtlich Ihrer Klangqualität und ihrer Wirkung im Raum. Letztendlich spielen auch die Korrespondenzen der Register untereinander eine immens wichtige Rolle. Durch die Koppelanlagen sind werkübergreifende Registermischungen zur Erzielung höchst subtiler und individueller Klangergebnisse möglich und auch erwünscht. Die Sauer-Instrumente vor der Jahrhundertwende vom 19. auf das 20. Jahrhundert sind in Ihrer klanglichen Aussage, auch bei kleinen Dispositionen, noch dichter an der Stilistik der französischen Orgel orientiert, als die späteren Instrumente nach 1900, die eine eindeutig deutsch-romantische Prägung haben.
Wilhelm Sauer hatte zwei Intonateure: Granzin und Franz, in den Adressbüchern der Stadt Frankfurt (Oder) als Orgelbaumonteure geführt. Herr Franz steht für das klangliche Ergebnis der Orgel in der Mühlhäuser Marienkirche (1891), W. Granzin hat die große Berliner Domorgel (1905) intoniert. Dies gilt es bei den Intonationsarbeiten zu berücksichtigen. Die Stimmungsart ist gleichschwebend temperiert. Als Stimmtonhöhe galt zur Erbauungszeit der seit 1879 gültige Pariser Kammerton mit 435 HZ bei 15 Grad Celsius. Es wird zu diesem Wert noch eine Verständigung geben müssen. Denn für die heutige Musizierpraxis mit modernen Instrumenten (443Hz bei 15 Grad Celsius) würden sich dadurch Probleme ergeben.